实验室管理处下设综合科、平台与仪器设备科2个科，科技创新与转化中心挂靠实验室管理处。

其主要职责：

1.根据国家的政策和法规，以及学校发展规划与目标，制定实验室和仪器设备管理的规章制度，并组织实施；负责学校实验室建设运行管理，统筹全校公共仪器平台建设与实验室信息化建设工作；

2.负责实验室安全管理，牵头管理全校实验室的危险化学品、生物安全、仪器设备等方面的安全监管工作，落实实验室安全管理责任。开展并督促二级单位做好实验室安全宣传、教育培训与实验室准入工作。承担福建中医药大学实验室安全管理领导小组办公室的工作职能；

3.负责贵重仪器设备管理，承担全校教学科研类贵重仪器设备可行性论证的组织与审批工作。做好贵重仪器设备开放共享工作；

4.负责学校各级各类实验室的建设与管理，组织开展立项申报、跟踪管理和验收评估工作；

5.配合人事部门做好实验技术队伍的宏观管理，继续教育与培训工作;

6.负责学校实验室基本信息数据的统计、分析和上报等工作；

7.负责科技创新与转化中心日常管理工作；

8.完成上级部门和学校交办的其他工作。